因为两个世界的时间流速不同，巴古拉军团在动画世界扩张，又与工藤大器屡翻大战，差不多足有十年之久，那里漫画世界（主世界）却才只过了一小阵子。而主世界的巴古拉兽虽然已经剥离了恶念，但是其慈爱柔和的心情却又走向了另一个极端：这位皇帝深信人类与数码兽都无法战胜自己的心魔和命运，故而想赐予众生毫无痛苦的死亡。恰在他准备动手之际，工藤大器等人已经斩杀了他的恶念化身，却让他又生出了一丝希望。
于是他与工藤大器等人约定，剥夺他们全部的记忆和力量，让他们进入主世界拯救众生。如果他们能够赢过代表着人性黑暗面的暗黑骑士兽，那么巴古拉兽便不再发动毁灭一切的计划。工藤大器等人自然是义不容辞地一口答应，而这其中又出现了一些阴差阳错，导致最后进入主世界的并非是历经百战的大器，而是三个月前那个对数码世界真的一无所知的大器。
然而虽然在与暗黑骑士兽的赌战之后失败，导致巴古拉兽还是放出了双头魔龙千年兽来赐予一切生灵毫无痛苦的死亡，工藤大器一行人最终还是用自己对于未来和希望的执着有惊无险地化解了危机，并且令巴古拉兽看到了他所能认可的可能性。巴古拉兽将主世界的统治权也一起交给了高吼兽，此时的他看破世情，视权位如粪土，拒绝了高吼兽与他共建新世界的邀请，执意离去。
