正是有鉴于军政府初期组织状况的混乱，军政府“虽有参谋、庶务、军事各部办事，规则均未厘定，喧嚣拥挤忙乱非常”，谭人凤便要居正根据同盟会《革命方略》大旨，草拟各机关条例，准备重新组织。其时，汤化龙与黄中垲等人颇有同感，认为军政府“所以凌乱无纪者，无法令可守耳”，于是起草了一份《军政府组织条例》。这个条例虽然得到黎元洪的赞赏，却遭到军政府中革命党人的冷落，被扔进了字纸篓。汤化龙等人找到居正，告以草拟条例不得发表之苦衷，并出条例相示，得到居正的大力支持。10月16日晚，居正召集党人大会，宣称条例是孙中山在海外预先制订的，“逐条朗诵，众无异议”，获得一致通过。
10月17日，《中华民国军政府暂行条例》正式颁布。该条例规定军政府下设4部：军令部、军务部、参谋部、政事部；政事部下设7局：外务局、内务局、财政局、司法局、交通局、文书局、编制局；军令、军务、参谋部自下级军官以上，政事部自局长以上，均由都督亲任。据此条例，确定军政府各部及政事部各局负责人名单如下：
