随后，康熙皇帝便着手撤销尚藩建制。于十九年闰八月十二日决定：将尚之信标下十五佐领官兵分入上乏穆汗夸驻广东，另设将军、副都统管辖，其三个总兵标下兵丁，裁一留二，也令新设将军管辖。然后，批准和硕额驸尚之隆、随内大臣班尚之孝的请求，令其前往广东，搬取尚可喜骸骨及家口，迁往海州(今辽宁海城)。此后，又将尚之孝、尚之隆等家下所有壮丁分为五佐领，隶汉军镶黄旗下。
康熙皇帝对耿精忠的处理更为谨慎。早在康熙六年十一月，藩下参领徐鸿弼等即遣人赴部，首告耿精忠归顺之后仍蓄谋反叛，列罪状五款。康熙皇帝留疏不发，而策划调虎离山之计。康熙十九年(1680)正月初六，谕令康亲王杰书设法劝耿精忠自动要求赴京，但不可轻举。杰书遵旨开导，耿精忠于四月上疏自请陛见。康熙皇帝立即准其来京，并授耿藩所属都统马九玉为福建将军，统福州府靖南藩下官兵。这实际上是削夺了耿精忠的兵权。同年八月，耿精忠到京城后，康熙皇帝将以往有关耿精忠罪状的留疏交法司勘问，但并未按部议立即夺爵处磔刑。康熙二十年九月，平叛战争接近最后胜利时，将耿氏家口编为五佐领，连同耿昭忠、耿聚忠一并归入汉军正黄旗下。直到次年正月，才以逆党之罪将耿精忠磔死。
