景福二年（893）九月十九日，李茂贞陈兵在长安城西的临皋驿，历数杜让能的罪行，请求李晔将他诛杀。彼时，杜让能痛哭流涕地说道：“昔日臣有言在先，征伐一事断不可行。如今，陛下就拿臣开刀，平息李茂贞的怒气吧。”
杜让能没有生在好的时代，却服侍了一个心有理想、为人正直的皇帝。李晔没有效仿汉景帝诛杀晁错的先例，而是将他贬为梧州刺史，并下诏承认自己没能听取大臣的深谋远虑，以至于引发战争的错误。
景福二年（893）九月二十日，李晔处死了西门重遂、李周潼、段诩三个宦官，将杜让能贬为雷州司户。同时声称，蛊惑他出兵的正是宦官集团，与杜让能没有关系。
很遗憾，李晔的退让没有换来李茂贞的退兵。接下来的几个月，李茂贞一直在长安附近耀武扬威，宰相崔昭纬也在给李晔施加压力。景福二年（893）十月，李晔下诏：勒令杜让能和他的弟弟户部侍郎杜弘徽自杀。
在朝臣的性命和自己的性命中，李晔只能无奈地选择后者。
此事过后，李茂贞成为凤翔节度使、山南西道节度使、武定节度使，兼任中书令，控制着凤翔、兴元、洋州、陇秦等十五个州的地盘，成为关中地区最有权势的藩镇节度使。乾宁元年（894）七月，在李茂贞的威逼之下，杨复恭、杨守亮、杨守信等人放弃抵抗，逃往河东，在路上被华州刺史韩建擒获，随后被李晔处死。