南非挑衅
莱索托在地理上完全处在南非领土的包围之中，长期受南非的控制。1984年，南非与莫桑比克签订了互不侵犯条约后，一直要求同莱索托签订“共同安全条约”，以阻止莱索托支持南非的黑人民族解放组织。南非还要求莱索托遣返1万多名支持“非国大”的南非难民。南非的要求被拒绝后恼羞成怒，处心积虑地破坏莱索托政局的稳定。1985年12月 20日，南非派遣突击队侵入莱索托首都马塞卢，打死9名南非黑人难民，公然践踏莱索托的国家主权。
1986年1月1日，南非借口防止“非国大”游击队从莱索托进入南非，封锁了莱索托的四周边界，使它成为一个孤岛，与外界的陆上交通全部中断，食品、燃料、药品等必需品告急，经济完全陷于瘫痪，政局动荡。乔纳森与军方领导人在对待南非问题上发生严重的分歧，执政的巴苏陀国民党内的少壮派支持南非的“非国大”的斗争，军方的领导人则认为应与南非举行谈判，改善双边关系以达到取消封锁。在乔纳森向巴苏陀国民党的青年团分发武器后，乔纳森与军方的关系骤然紧张。
武装政变
1986年1月15日，一批武装军人包围了乔纳森的首相办公室，要求政府改变其外交政策，改善与南非的关系，争取解除封锁；还要求改变一党专权的状况，但遭到乔纳森的拒绝。17日，准军事部队的35名军人发动政变。在两天的战斗中，政变失败，有10多人被打死。同日，莱索托的一个官方代表团访问南非，讨论两国的安全问题。准军事部队司令莱哈尼亚少将是代表团成员之一，据说南非人向莱哈尼亚表示，如果他起来反对乔纳森，他将得到南非的支持。