马端临的历史思想中也包含着辩证的因素。他论国用与政治统治的关系时，引用了贾山《至言》中讲到周秦财之多寡与祚之延促的历史经验教训，结论是“国之废兴，非财也。财少而国延，财多而国促，其效可睹矣”。马端临进而分析说，两汉以下财赋所得，一归“国家之帑藏”，一归“人主之私蓄”，关键在于处理好这里的“公”“私”关系：“恭俭贤主，常用内帑以济军国之用，故民裕而其祚昌；淫侈僻王，至糜外府以供耳目之娱，故财匮而其民怨。此又历代制国用者龟鉴也。”马端临一方面认为贾山所论是有道理的，一方面还是主张增长财富而推崇“恭俭贤主”。“民裕而其祚昌”，这其中包含着朴素的辩证思想。
关于“封建”问题，马端临也是从“公”心出发来分析的，认为“必有公天下之心而后可以行封建”，而汉代以下“为人上者苟慕美名，而实无唐虞三代之公心；为诸侯者既获裂土，遽欲效春秋战国之余习，故不久而遂废”。此后，魏晋分封，也都没有达到“藩屏之助”的目的。马端临总结了两汉、魏晋、南朝的历史经验教训，指出：“封建之得失不可复议，而王绾、李斯、陆士衡、柳宗元所论之是非亦不可得而偏废。”他用“公心”来说明“封建”之可行，其见识显然远逊于柳宗元，但他认为两汉以下不可再行“封建”，并应全面考虑在“封建”问题上两种不同意见中合理的因素，这是从更深一层提出了如何处理皇权和地方关系的问题，其中也包含着辩证思想的因素。