天元帝逃脱以后也只是多活了几个月，他和其子天保奴在逃亡过程中被其部将（忽必烈的弟弟阿里不哥的后裔）缢杀，其部将自立为蒙古大汗，成为自忽必烈以来首位非忽必烈后裔的蒙古大汗。天元帝死后蒙古大汗不再有庙号、谥号、年号，可以说捕鱼儿海一战北元政府彻底崩溃。在此之前，北元的统治者一直以正统王朝自居，相信有朝一日能重新入主中原，而在此之后蒙古的统治者完全去除了身上的汉化痕迹，显示出他们已经彻底放弃了对中原地区主权的占有。明朝与北元经过二十余年的反复拉锯战，朱元璋终于取得了他想要的胜利，在这以后明朝与蒙古的作战再也不是新政权与前政权之间争夺合法性的战争，而降级为统一王朝应对北方游牧民族攻扰的反击。况且经过蓝玉一战，蒙古元气大伤，就连扰边都是心有余而力不足了。然而朱元璋北征的脚步并没有停止，并且北征的意义也开始发生变化。
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