为保障战时全国秩序和安全，战区厉行戒严，严惩奸特。战争刚开始不久即发生了泄露军事机密的事件。国民政府决定于8月13日封锁长江江阴以下江面，行政院秘书黄浚（秋岳）受日人的收买，竟将此机密泄漏给日本人。事发之后，国民政府于8月20日将黄免职逮捕，6天后将其一伙奸徒18人明正典刑。这是抗日战争开始后处理的第一件奸特案件。
为适应战争需要，卢沟桥事变发生后，国民政府陆续公布了《军事征用法》《国民工役法》等法令，强化征兵，实行战时征发；实行战时经济统制，公布《战时粮食管理条例》《食粮资敌治罪暂行条例》，以保障军民粮食供给；财政部公布《非常时期安定金融办法》，防止资金抽逃。
为了坚持长期抗战，战争爆发后国民政府即已开始筹划将沿海工业设备和人才资源向西部地区迁移。7月下旬，资源委员会工业联络组组长林继庸建议尽速将上海各工厂迁移至西南地区，获上海工业界的同意。8月10日，行政院通过拆迁上海工厂计划，责成资源委员会负责进行。资源委员会、财政部、军政部、实业部会同，组织上海工厂迁移监督委员会，以林继庸为主任委员。11日，上海工厂联合迁移委员会成立。
与此同时，集中于沿海和东部地区的文化教育机构和知识精英，在战争中也向西部迁移。早在战争爆发前，天津南开大学和南京中央大学即已作西迁准备。9月2日，教育部颁令，沿海各省公私立学校迁移内地上课。