超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同的是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，改为挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的宝可梦华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。
两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一起奋斗。
对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆。
小智受到了小茂的鼓励，独自带着皮卡丘和偷跟去的的长尾怪手前往神奥地区开始新的挑战。
小智、小光和小刚3人的旅程并非一帆风顺，他们在路途上遇上很多人和事，小智曾惨败给真司，小光也曾在2次宝可梦华丽大赛的第一次审查惨遭淘汰出局。
几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，第一次参加便晋级决赛，但在决赛以稍微差距输给好友小望；小智也集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好得开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败给达克多，在4强出局。
