超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇,和第一部的不同的是,故事变成了两条主线:一方面小智为了参加丰缘联盟,努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后,改为挑战故乡关都地区的对战开拓区;另一方面小遥以成为顶级协调训练家为目标,挑战各地的宝可梦华丽大赛取得缎带,参加华丽大型庆典。
两人都为了达成各自的目标,与宝可梦一起奋斗。
对战开拓区篇结束后,小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别,小胜回到了橙华道馆。
小智受到了小茂的鼓励,独自带着皮卡丘和偷跟去的的长尾怪手前往神奥地区开始新的挑战。
小智、小光和小刚3人的旅程并非一帆风顺,他们在路途上遇上很多人和事,小智曾惨败给真司,小光也曾在2次宝可梦华丽大赛的第一次审查惨遭淘汰出局。
几经辛苦,小光终于集齐5枚缎带徽章,她在神奥华丽大型庆典表示出色,第一次参加便晋级决赛,但在决赛以稍微差距输给好友小望;小智也集齐8枚徽章,他在神奥联盟有好得开始,在第1回战打败尚志,第2回战打败某女路人,第3回战(16强)打败考平,8强更打败真司,可是他无法势如破竹而在准决赛惨败给达克多,在4强出局。